سید حسن خمینی در ماجرای ۱۳ آبان سال جاری و آتش زدن عکس امام(ره) با صدور بیانیه ای عنوان کرد که توهینی به امام صورت نگرفته و در عوض صدا وسیما و بسیج را به باد انتقاد گرفت.

سید احمد خاتمی امام جمعه وقت در خطبه های نماز جمعه تهران در این خصوص می گوید:به موسسه نشر آثار امام می‌گویم جا نداشت بیانیه می‌دادید و این کار ضد امام را محکوم می‌کردید؟ آقایان بیانیه می‌دهند و می‌گویند اهانت به امام در این مراسم نبوده و این را فقط و فقط صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران پخش کرده. من می‌گوییم 7شبکه دارند پحش می‌کنند. شبکه العبریه که نام اولیه‌اش العربیه بوده و والان درد برای صهیونیست‌ها تلاش می‌کند این فیلم را پخش کرده‌اند. از موسسه نشر آثار حضرت امام که توسط حجت الاسلام و المسلمین سید حسن خمینی مدیریت می‌شود سئوال می‌کنم که این بیانیه در این شرایط به چه معنا است؛ شما به جای اینکه تقدیر می‌کنید انتقاد می‌کنید.

این مسئله در سایت های خبری نزدیک به هاشمی مانند بازتاب نیز انعکاس عجیبی داشت. بازتاب در کمال باوری دراین باره می نویسد:نام سيدحسن خميني، زنده‌کننده نام پدر و جد بزرگوارش نزد ملت است. هر کس به سيماي او مي‌نگرد، خاطره امام(ره) را در خود زنده مي‌کند و به همين دليل از احترام بالايي نزد ملت برخوردار است. توهين به سيدحسن خميني با بستن دروغ و مطالب کذب، توهين به خاندان مطهر و در رأس آن هدف قرار دادن امام خميني(ره) است. چه چيزي آنان را بر آشفته کرده است که اينچنين به تهمت و دروغ و افترا زبان گشوده و قلم رانده‌اند؟ اگر اظهارنظر او در خصوص ردصلاحيت‌هاي گسترده است که اين تنها حرف سيدحسن خميني نيست. ياران و دوستان نزديک خودتان نيز زبان به اعتراض گشوده‌اند و اگر بيان و نقل و قولي از وصيتنامه امام خميني(ره) است، چه کسي صالحتر از او براي آن؟ سيدحسن خميني بالاترين مقام در مؤسسه تنظيم و نشر آثار امام خميني است.

سفر سيد حسن خميني به خارج از كشور هم زمان با اوج گيري اعتراضات مردمي نسيت به هتك حرمت امام از ديگر مسائلي است كه طي اين مدت انتقادات زيادي را به ويژه از سوي احزاب و جمعيت هاي انقلابي به همراه داشت.

                        

مواضع متناقض سيد حسن خميني از يك سو و جلسات متعدد وي با سران حزب مشاركت و ديگر احزابي كه امت حزب الله از آنان دل خوشي ندارند،تغيير نگاه عميقي را نسبت به وي موجب شده است.

از سوي ديگر خبر حاكي است رايزني و چانه زني ها براي فراهم شدن مقدمات حضور سید حسن خمینی به عنوان کاندیدای اصلاح طلبان در دروه آتی انتخابات ریاست جمهوری آغاز شده و اين امر موافقت برخي چهره هاي سياسي شاخص از جمله هاشمي رفسنجاني،هاشمي شاهرودي و ناطق نوري را در پي داشته است.

هرچند حضور وي با استفاده از موقعيت و جايگاه بيت امام مي تواند در انتخابات آينده براي احزاب اصولگرا چالش جدي تلقي گردد اما به طور قطع اگر كش مكش هاي دولت،مجلس و ديگر جريان ها مانند جريان هاي نزديك به قاليباف ادامه يابد اصولگرايان در انتخابات آتي شكست سختي را تجربه خواهند كرد.